就像同样是热门合作游戏的《绝地潜兵2》一样，《战锤40K：星际战士2》也借由 Nexus Mods 为玩家提供了大量的选择，并且也获得了游戏总监 Dmitriy Grigorenko 的支持，但它也为游戏造成了麻烦。最近官方确认，游戏将在 12 月发布的下一次重大更新内禁止玩家在公共在线游戏中使用模组。
在 Steam 上，Grigorenko 在更新中写道：“我们的数据显示，最近出现的服务器稳定性问题中有很大一部分与 Mod 有关，而且这种不稳定性甚至影响了那些没有安装 Mod 的用户。”
“我们还收到用户报告，称他们的存档文件在与带 Mod 的玩家联机后被损坏。”
因此，12 月更新上线后安装了 Mod 的《星际战士2》玩家将不再允许进行公开游戏，但同时官方依然允许私人大厅使用 Mod。总监写道：“我们将继续提供(为 Mod 玩家)提供所有的服务器基础设施，以便您可以与朋友一起在线玩有 Mod 的游戏。一旦我们添加了自定义的永恒战争大厅(PvP)，Mod 也将适用于它们。”
开发团队还承诺将为 Mod 提供更加简单的后端入口，以及更好的 Mod 工具。Grigorenko 写道：“我们将向 Mod 制作者发布一些工具，以便他们可以更轻松地开发 Mod。”他目前并没有提供这些工具将如何或何时发布的具体细节。
