飞机于北京时间13:16从昆明长水机场21号跑道起飞，13:27上升至巡航高度8900米,14:17沿A599航路进入广州管制区,14:20:55广州区域管制雷达出现“偏离指令高度”告警，飞机脱离巡航高度，管制员随即呼叫机组，但未收到任何回复。14:21:40雷达最后一次记录的飞机信息为：标准气压高度3380米，地速1010千米/小时，航向117度。随后，雷达信号消失。
事故现场位于广西壮族自治区梧州市藤县埌南镇莫埌村附近一个东南至西北走向的山谷中。现场可见面积约45平米、深2.7米的积水坑，判定为主撞击点，位置为北纬23°19′25.52″，东经111°06′44.30″。飞机残骸碎片主要发现于撞击点0°至150°方位范围内的地面及地下。距主撞击点约12公里处发现右翼尖小翼后缘。事故现场山林植被有过火痕迹。现场发现水平安定面、垂直尾翼、方向舵、左右发动机、左右大翼、机身部件、起落架及驾驶舱内部件等主要残骸。所有残骸从现场搜寻收集后，统一转运到专用仓库进行清理、识别，按照飞机实际尺寸位置对应摆放，便于后续检查分析。
经调查，当班飞行机组、客舱机组和维修放行人员资质符合要求；事故航空器适航证件有效，飞机最近一次A检（31A）及最近1次C检（3C）未超出维修方案规定的检查时限，当天航前和短停放行无故障报告，无故障保留；机上无申报为危险品的货物；此次飞行涉及的航路沿途导航和监视设施、设备未见异常，无危险天气预报；在偏离巡航高度前，机组与空管部门的无线电通信和管制指挥未见异常，最后一次正常陆空通话的时间为14:16；机上两部记录器由于撞击严重受损，数据修复及分析工作仍在进行中。
后续，技术调查组将依据相关程序继续深入开展残骸识别、分类及检查、飞行数据分析、必要的实验验证等调查工作，科学严谨查明事故原因。
