据中央纪委通报，邓崎琳严重违反政治纪律，干扰、妨碍巡视工作，对抗组织审查，长期搞迷信活动；严重违反组织纪律，违规选拔任用干部，利用职务上的便利在干部选拔任用等方面为他人谋取利益并收受财物，不按规定如实报告个人有关事项，在组织进行谈话时不如实向组织说明问题；严重违反廉洁纪律，利用职务上的便利在企业经营等方面为他人谋取利益并收受财物，利用职务上的便利为亲属经营活动谋取利益，违规多占住房，违规领取奖金，长期占用宾馆客房供个人使用等。
 
在违规选拔任用干部、用人失误方面，较为突出的一个案例是2015年4月落马的武钢股份副总经理孙文东。在审计发现孙文东有严重问题后，还被邓崎琳一手提拔，在武钢任职18余年。
 
此外，根据武钢整改的通报发现，武钢曾长期以党政联席会代替党委常委会，研究干部人事任免。整改期间，武钢共出现涉嫌暗箱操作、利益输送、领导人员插手工程项目271个，有42名领导的亲属围绕武钢做业务。在销售给武宝联公司的矿石中，有2.41万吨在矿石价格大幅下跌后又原价回购，致使武钢损失1500余万元。武钢还通过不具资格的中间商采购无烟煤，使中间商获取不当利益1.03亿元。

 
这些乱纪行为和惊心数字，最终都直指武钢“一把手”邓崎琳。
 
2016年12月8日，广东省佛山市人民检察院依法对邓崎琳涉嫌受贿案提起公诉。因为腐败，他最终成为“蛀虫”。