以Block 3F软件（Block 3F software）来说，先前《Defense News》曾报导，原先预定用于IOC(初步作战能力测试)的Block 3软件，因为有重大的系统问题，导致战机上的系统在3-4小时就停摆，必须要重新启动才能重启系统，而修正后的新版本将每3小时就当机延长到15小时，但这样的问题已经让人对「史上最昂贵的战机」的战力打上问号。
 
这套软件问题有多严重？据吉尔莫的报告指出，军方在Block 3F软件（Block 3F software）上发现了276处需要解决的严重缺陷，但只有修复不到一半的问题。此外，该战机的缺陷目前仍然月增20处。
 
报告还指出，F-35项目试图越过诸多测试，并将于2017年8月进入初期作战测试及评估(initial operational testing and evaluation,IOT&E)阶段；可是这将代表未知的风险将被转移至运行测试以及后续现代化升级中，进而将直接转移到驾驶战机的飞行员身上。