吉尔莫因此认为，「众多问题与工程延期均说明，F-35项目最早也只能在2018年底或2019年初，才方可在具备完全作战能力的条件下，进行初期作战测试及评估。」而最终完成系统研发阶段的费用约为5亿美元，成本评估及方案评估办公室预计支出也将升至11.25亿美元。
 
除软件缺陷外，F-35战机也存在结构上的问题。例如，飞机垂直尾翼与机身的连接部位的磨损度比预期要快很多；降落用的拦阻钩使用一次后就出现磨损；某些飞行测试中，发动机舱过热导致水平尾翼遭到热损伤。而为海军研制的F-35C在弹射起飞时，前起落架会出现「剧烈」震动而危及飞行员安全。据飞行员逃生系统测试显示，体重不足61公斤的飞行员可能面临颈部严重受伤或死亡的风险。