7、荣膺国家科技进步奖
 
由于实践五号卫星研制在“快、好、省”等方面进行了有益尝试，并且推出了中国第一个实用型现代小卫星公用平台——CAST968小卫星公用平台，引起专家们的广泛关注。这些“亮点”放射出的光芒，使“实践五号”当之无愧地获得2001年国家科学技术进步二等奖。作为总指挥与总设计师，马兴瑞以排名第一的身份与同事们共同获得了这一来之不易的殊荣。
 
他率领的团队多次获得国家科技进步奖一等奖、二等奖。
 
8、填补海洋卫星空白
 
进入21世纪，“向海洋进军”成为各国经济发展的重要战略目标。中国是一个海洋大国，但海洋开发利用受限颇多，我国第一颗海洋水色遥感探测试验型业务卫星——海洋一号卫星的研发提上日程。他担任“两总”。
 
在1997年春，马兴瑞到天津参加了一次海洋一号卫星用户需求分析会，后来反复强调设计中要树立“用户的需求就是我们工作的目标”的用户意识。1999年下半年，马兴瑞带领和组织技术人员完成了海洋一号卫星的方案设计工作。
 
2002年5月15日，海洋一号卫星在太原卫星发射中心发射成功，结束了我国没有海洋卫星的历史，同时标志着我国在海洋卫星遥感领域迈入了世界先进国家的行列。
 
随后，海洋一号卫星获2003年度国防科学技术奖一等奖，马兴瑞以排名第二的身份与有突出贡献的研制者们共同分享着成果带来的荣誉。